Seiring dengan perkembangan sejarah Indonesia, BPK RI juga mengalami berbagai perkembangan. Dalam masa reformasi, BPK RI mengambil langkah strategis untuk meningkatkan mutu hasil pemeriksaan. Perwakilan III BPK RI di Yogyakarta memiliki lingkup pemeriksaan yang terlalu besar meliputi wilayah Propinsi Jawa Tengah, DIY, Jawa Timur, Bali, NTB dan NTT sejalan dengan misi BPK RI yang memiliki perwakilan di setiap propinsi, maka organisasi BPK RI mengalami penyesuaian. Penyesuaian tersebut antara lain dengan ditetapkannya Surat Keputusan BPK RI Nomor 18/SK/I-VIII.3/6/2002, tanggal 7 Juni 2002 dengan dibentuknya Perwakilan IV BPK RI di Denpasar.
Wilayah pemeriksaan Perwakilan IV BPK RI di Denpasar mencakup Propinsi Bali, NTT, NTB, Maluku dan Papua. Kepala Perwakilan pertama di Perwakilan IV BPK RI di Denpasar adalah Drs. Supriyanto. Namun sebelum berubah menjadi Kepala Perwakilan ada 2 pejabat yang membawahi wilayah Bali dengan jabatan Kepala Satuan Audit Pemeriksaan (SAP) II Denpasar.
Pada tahun 2004 sesuai dengan SK No.12/SK/I-VIII.3/7/2004 tentang organisasi dan tata laksana Badan Pemeriksa Keuangan organisasi pelaksana BPK RI, yang antara lain menyebutkan bahwa Perwakilan IV BPK RI di Denpasar berubah menjadi Perwakilan V BPK RI di Denpasar dan mencakup wilayah pemeriksaan Provinsi Bali, Provinsi NTT, dan Provinsi NTB (Perwakilan di Jayapura sudah berdiri). Dalam rangka memenuhi amanat Undang-undang Dasar 1945, kemudian dituangkan dalam Keputusan Ketua BPK RI No.34/K/I-VIII.3/6/2007 tanggal 15 Juni 2007, dibentuklah Perwakilan BPK RI di Kupang, dengan Kepala Perwakilan Ir. M.Yusuf Guntur yang diangkat dengan Surat Keputusan Sekretaris Jenderal BPK Nomor 146/SK/VIII-VIII.1/7/2007 tanggal 19 Juli 2007. Kantor Perwakilan BPK RI di Kupang secara resmi dibuka oleh Ketua BPK RI Bapak Anwar Nasution pada 27 Juli 2007.
